La ville portait le nom de Aigne avant d’adopter celui du saint lorsque la ville devient un lieu de pèlerinage voué au culte de Saint Sébastien.
A la révolution, Saint Sébastien sera témoin de la signature du traité de paix entre le Général Hoche et Charrette, le chef des insurgés vendéens.
Au XIXe siècle, de grandes familles nantaises se font construire des manoirs à la campagne, non loin de Nantes. C’est ainsi que Cambronne vient prendre sa retraite dans la demeure familiale située au bord de la Loire. Il y rencontre sa future femme, la riche propriétaire du manoir voisin, l’écossaise Mary Osburn.
La ville, résolument tournée vers le fleuve, devient au début du XXe siècle une vaste zone maraîchère alimentée en eau par des mouillères, sortes de châteaux d’eau privés dont un spécimen est encore visible rue de la Galtière. Des entreprises agro-alimentaires s’installent alors non loin des cultures, la plus connue étant Cassegrain. Le muguet est également un produit phare de la culture locale.
Profitant de sa situation privilégiée au bord du fleuve, Saint Sébastien aménage en 1960 un club nautique. Du sable est apporté, des maîtres-nageurs surveillent les baigneurs lorsque d’autres s’essayent à la voile. L’envasement de la Loire met fin aux activités nautiques en 1976 et il est désormais interdit de se baigner. Toutefois, l’aménagement de l’ancien chemin en bordure de Loire et des îles est une agréable promenade avec un arrêt obligé sur la plage encore existante.
Un festival annuel est organisé tous les derniers week-end de mai sur les berges de la Loire. « Les rendez-vous de la Plage » attirent un grand nombre de personnes venues assister aux spectacles, animations et concerts gratuits.
Saint Sébastien propose trois marchés dans les quartiers de la Fontaine, du Douet et dans le centre-ville. Chacun accueille les habitants avec un choix varié de produits du terroir et d’ailleurs.
