Une partie de la commune abrite l’ancienne cité gallo-romaine Ratiatum érigée au 1er siècle.
Au cours du IXe siècle, avec l’invasion des Bretons, Bouguenais passe de la suzeraineté poitevine à la suzeraineté nantaise puis bretonne.
Au XIIe siècle un couvent de bénédictines s’installe et prospère jusqu’à posséder en 1554 200 hectares sur les paroisses voisines.
Le XVIIe siècle voit arriver sur la commune de nombreux négociants et armateurs venus acquérir des domaines et faire construire des maisons bourgeoises ou les fameuses « folies ».
A la Révolution une grande partie de la population s’opposent aux troupes républicaines causant de nombreuses victimes.
Si Bouguenais est durablement rurale, l’arrivée en 1936 de l’usine aéronautique accroit considérablement la population avec l’implantation de familles ouvrières. Plusieurs cités seront alors édifiées pour les loger. Aujourd’hui, l’implantation d’Air Bus et de l’aéroport de Nantes constituent avec de nombreuses PME un tissu économique local dynamique.
La Ville, consciente de la richesse de son patrimoine architectural et naturel, met tout en œuvre pour le valoriser. De nombreuses maisons bourgeoises encloses dans de petits parcs sont caractéristiques des demeures édifiées à la fin du XIX e siècle. Un lavoir , des moulins et des métairies sont les vestiges d’un passé riche passé rural.
La commune longe la Loire dont les berges aménagées permettent aux promeneurs de s’adonner à leur passion.
La commune propose trois marchés, le premier le jeudi matin dresse ses étals aux Couëts. Le deuxième expose ses produits dans le bourg tous les vendredis matins. Et, la Grande Ouche s’anime le vendredi soir avec l’installation d’un marché éco-responsable.
